神撫學園的會長直轄組織由一名會長、一名副會長、一名文書、一名會計其他任意數目的成員構成。

會長固定是半年任命一次，但基本上會以再選的形式繼續任期，很少發生中途交替的情形。唯有學生會長因畢業等理由而不得不下台時，會基於會長權限指名任意的星徒、讓出其地位來決定新的會長。副會長以下的職務則是由會長從學生中選出。

這些職務沒有特定的任期，基本上是就任至會長解除職務為止。

不過也會有例外，就是任期中基於會長本人的意思解散會長直轄組織和由一定數量以上的一般學生共同提出不信任案。屆時會長會被解除職位，藉由選舉來決定新的會長。

在會長的選舉裡會舉行大規模的選舉戰。由學園長和教職員所選出的選舉管理官之手劃分淘汰賽的對戰表，由候選人反覆進行決選投票來分出勝負並晉級。在選舉時，課程也會受到影響，短縮為只有上午上課。平日的午後時間就由各候選人在學園內進行選舉活動，向學生們訴說自己的公約和思想。

 參加競選並不需要特別的條件。除了提出不信任案的學生外，只要有以會長為目標的思心，那無論是誰都能成為候選人。另外，由於不信任案而被解除職位的前會長也可以跟其他候選人一樣參選。前會長再度選上時，會任命新的成員然後成立新會長直轄組織。

作為候選人參戰的始終是個人。然而在選舉戰裡，擁立候選人的團體能進行跟民主主義社會的選舉一樣的選舉活動。在也有社會縮影作用的這個狀況裡，學生會對自己的責任產生自覺，慢慢學習身為個人的正確生活方式。